Лечение папилломавирусной инфекции включает хирургическое удаление поражений кожи и слизистой. Также применяется обработка слизистой мазями, содержащими средства, подавляющие деление клеток. В случае кондилом применяют диатермокоагуляцию (некроз поражений, вызываемый тепловым воздействием электрического тока), радиоволновую алблацию и химическое воздействие препаратом солкодерм, который содержит смесь кислот (трихлоруксусная, азотная и т. д). Солкодерм довольно эффективен при небольших поражениях и не требует обезболивания. Для всех методик хирургического лечения существует одно ограничение. Так как часто ВПЧ поражает множество клеток, некоторые участки находятся в начальной стадии образования поражений. Их невозможно физически заметить при обработке и поэтому иногда процедуру хирургического удаления кондилом приходится повторять спустя некоторое время. Для местного лечения мазями применяют крем, содержащий 5% фторурацил. Фторурацил вызывает уменьешине деление клеток и их отмирание. Для поддерживающей терапии можно применять инъекции рекомбинантного интерферона. Также применяют иммуностимуляторы, которые активизируют функцию макрофагов, вырабатывающих эндогенный гамма-интерферон. Представителем иммуностимуляторов является крем ALDARA и Zyklara. Для лечения эрозии и дисплазии шейки матки используют криодеструкцию, диатермокоагуляцию, радиоволновую хирургию и аргоноплазменную аблацию (коагуляцию).